До начала Великой Отечественной войны школа № 40, распахнувшая свои двери для учащихся зимой 1940 г., сделала только 2 выпуска. Выпускной бал состоялся в субботу, 21 июня, а 22, в воскресенье, началась война, и выпускники 1941 г. сразу после выпускного бала ушли в военкомат.

Во время войны школьники учились в три смены с 5.40 до 22.00., скудным школьным завтраком делились с детьми эвакуированных, собирали посуду для эшелонов с ранеными и теплые вещи для фронта, помогали принимать раненых на вокзале, дежурили в госпитале, организовывали шефские концерты, заготавливали дрова, помогали семьям фронтовиков, участвовали в сборе средств для строительства танковой колонны. Большой денежный взнос школа сделала на строительство самолета.

В 1942 – 1943 гг. помещение школы было занято под госпитали. С ноября 1941 г. по март 1942 г. -  под госпиталь № 1362, в который была реорганизована эвакуированная в Свердловск Московская Центральная железнодорожная больница (ныне -Центральная клиническая больница № 2 им. Семашко) «Госпиталь вмещал 600 коек, имел профиль челюстно-лицевой хирургии. Начальником госпиталя был майор медицинской службы Ю.Б. Эпштейн»*. Одновременно, с октября 1941, в школе частично размещался эвакогоспиталь № 3584.**

С 1943 года школа стала мужской средней школой, а девочки ушли учиться в школу № 13, директором школы была Илясова Александра Федоровна.

Всего на фронтах Великой Отечественной войны сражались 49 выпускников школы. Среди них Герман Петрович Одноценов – с апреля 1942 года военный летчик. Он воевал на Западном, Юго-Западном, Воронежском фронтах, в 1945 г. принимал участие в разгроме Будапештской группировки противника. За боевые подвиги был удостоен звания Герой Советского Союза. Погиб 8 марта 1945 г. Уральским Гастелло называли капитана К.Н. Шакурского, командира 237-го авиационного полка, который направил свою горящую машину на вражеский эшелон с боеприпасами. Правительство высоко оценило его боевые заслуги, наградив орденами Красной Звезды и Отечественной войны I и II степени. Значительный вклад в победу внес партизанский отряд «Мститель», действовавший в Карельских лесах. В его составе воевали М.Н. Сергеев и В.П. Котов, ушедшие на фронт добровольцами. Им не суждено было вернуться с полей сражений Великой Отечественной войны, как и многим другим выпускникам школы. Защищать Родину уходили и учителя: Б.Г. Левинсон – первый директор школы, О.В. Чижевский – преподаватель, военного дела и физкультуры, Л.Г. Машкова и И.П. Цимбал – учителя младших классов.

В конце 50-х гг. в школе зародилось движение по созданию музея боевой славы. Большую роль в этом сыграла директор Самарская Матильда Григорьевна. Для этого учащиеся собирали воспоминания участников войны и их родственников, преподавателей и учеников военных лет, вели переписку с военкоматами, архивами; организовывались экспедиции по местам боевой славы. Музей был открыт в 1960 г.

Несмотря на то, что сейчас гимназисты обучаются в зданиях образовательных организаций № 7 и 62, ожидая строительства нового корпуса здания своей школы, удалось сохранить и материалы музея, собранные предшествующими поколениями школьников и педагогов, и мемориальные доски в честь Г.П. Одноценова, М.Н.Сергеева, В.П,Котова, о расположении в здании эвакогоспиталя № 3584, и, самое главное, память о людях, благодаря которым мы можем сегодня жить без войн.

* Центральная клиническая больница № 2 им. Семашко.// https://rostokino.mos.ru/the-70th-anniversary-of-the-victory-in-the-great-patriotic-war-of-1941-1945/the-history-of-organizations-and-enterprises-of-the-district-during-the-great-patriotic-war/central-clinical-hospital-no-2-of-them-semashko.php

** Корнева О. Сведения о госпиталях, размещавшихся в г. Свердловске во время Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. и в первые полтора послевоенных года (июнь 1945 г. - декабрь 1946 г.). //http://www.okorneva.ru/svedeniya-o-gospitalyah-razmeschavshihsya-v-g-sverdlovske-vo-vremya-velikoy-otechestvennoy-voynyi-1941-1945-gg-i-v-pervyie-poltora-poslevoennyih-goda-iyun-1945-g---dekabr-1946-g/